Shell – Não é sigla, é a palavra concha, em inglês. O Shell é uma linguagem de programação que atua diretamente na interface do usuário com o Sistema Operacional. O termo Shell é usado principalmente em sistemas baseados em Unix, como o Linux, porém também é usado no Windows.
SSH – completa o conceito de Shell. O SSH (Secure Shell) é um programa de computador (cliente) e ao mesmo tempo um protocolo de rede, ele permite que seja possível acesso remoto ao servidor. Uma das vantagens de sistemas Unix (como o Linux) para uso em servidores remotos é esta facilidade de acesso e controle remoto. Ou seja, o Shell se caracteriza pela ferramenta de controle (interface) do sistema, através do SSH temos uma conexão segura (criptografada) e com amplos recursos. O SSH também existe para sistemas Windows, porém não é nativo, tem de ser instalado.
É muito comum ouvir falar em comandos shell, que na verdade são os comandos executados por linhas de comando no Linux.
O SSH é amplamente utilizado para administração de sites hospedados em servidores remotos.
Dúvidas? Comente!

